Les formes sobretot i sobre tot tenen significats diferents.

L'adverbi sobretot significa 'per damunt de tot'. Per exemple:

Que tinguis bon viatge i gaudeix, sobretot!
És sobretot molt bona persona.

La construcció sobre tot està formada per la preposició sobre seguida de tot (determinant o pronom) i es pot trobar en oracions com les següents:

Un sobirà tenia autoritat sobre tot i sobre tothom.
L'aleta dorsal s'origina a la nuca i s'estén sobre tot el dors.